Das neue, archäologische Museum von Thira gehört zu den interessantesten Museen der Bronzezeit in Griechenland. Die sogenannte "Minoische Kultur" war vor ca. 1627 v.Chr. eine der ersten Supermächte des Mittelmeerraumes. Erst durch den katastropaheln Vulkanausbruch um 1627 v.Chr. wurde diese Kultur geschwächt und kurze Zeit danach durch die Festland-Mykener überwältigt. Zusammen mit dem archäologischen Museum von Mykene ist dieses Museum ein "Muss" für alle, die die Zusammenhänge der vorgeschichtlichen Zeit verstehen möchten. Die Funde aus den Ausgrabungen von Akrotiri dominieren die Ausstellung und zeigen auch die Handelsbeziehungen der Minoer zu den Nachbarregionen.